До 1964 року поширеність хронічних захворювань органів травлення займала 4 місце серед інших захворювань. У зв’язку з великою соціальною значущістю гастроентерології, як основної галузі медичної науки і практики, Постановою Ради Міністрів Української РСР і наказом МОЗУ створений 16 березня 1965 року.
Основний напрямок діяльності інституту був сформульований Міністерством охорони здоров’я України — вивчення клініки, розробка методів діагностики, лікування і профілактики захворювань органів травлення.
З цього часу було покладено початок організації мережі гастроентерологічної спеціалізованої служби в Україні, що почала інтенсивно розвиватися і досягла рівня кращої серед інших республік країни.
Інститут виконує функції Головної наукової, методичної і лікувально-діагностичної установи з проблеми «Гастроентерологія», є навчальною базою для післядипломної підготовки гастроентерологів, терапевтів, хірургів, ендоскопістів, сонологів, рентгенологів, лікарів-лаборантів, середнього медичного персоналу з питань гастроентерології. Унікальність структури інституту (наявність терапевтичної і хірургічної клінік, експериментальної бази) дозволяє найбільш повноцінно, з позицій фундаментальної і прикладної науки, вирішувати пріоритетні проблеми гастроентерології.
В Інституті засновані та продовжують діяти ряд провідних наукових шкіл, які мають оригінальні наукові концепції і визнані на світовому рівні: ендокринна гастроентерологія, клінічна ентерологія, моделювання гастроентерологічної патології, діагностика і лікування холесекреторних порушень, психокорекція при гастроентерологічних захворюваннях, органозберігаючі способи хірургічного лікування, реконструктивне лікування оперованого шлунка, наукові основи організації й удосконалення гастроентерологічної допомоги.
Оскільки Інститут гастроентерології — науково-дослідна установа клінічного профілю, то надання висококваліфікованої спеціалізованої медичної допомоги громадянам України є важливою складовою частиною його діяльності. Щорічно в поліклініці інституту одержують консультативну допомогу близько 35 тис. хворих, у клініці стаціонарно лікується більш 3000 пацієнтів, виконується понад 1000 складних операції на органах черевної порожнини, у тому числі реконструктивних.
Досягнення інституту — це результат багатогранної творчої діяльності його вчених, лікарів, усіх співробітників.